Vilniaus universiteto biblioteka yra viena seniausių bibliotekų Centrinėje Europos dalyje. 1570 m. įkurta jėzuitų, biblioteka buvo formuota pagal šio ordino edukacijos sistemos principus, išdėstytus veikale Ratio Studiorum (1599).

Vilniaus jėzuitų kolegijos bibliotekos pagrindą sudarė Vilniaus sufragano Jurgio Albinijaus (apie 1500/1510–1570), Tomo Makoveckio (m. 1586), Petro Oborskio, pirmojo Vilniaus jėzuitų kolegijos rektoriaus Stanislovo Varševickio (apie 1530–1591) bei vyskupo Valerijono Protasevičiaus (apie 1504/1505–1579) knygų rinkiniai. 1579 metais knygų skaičius bibliotekoje nemenkai išaugo gavus mirusio Lenkijos karaliaus ir Lietuvos didžiojo kunigaikščio Žygimanto Augusto (1520–1572) testamentu paliktas knygas. XVII amžiaus antroje pusėje Vilniaus jėzuitų kolegiją pasiekė didikų Sapiegų donacija, vėliau gavusi Bibliotheca Sapiehana vardą. Ją sudarė apie 3000 knygų iš LDK kanclerio Leono Sapiegos (1557–1633) ir trijų jo sūnų – Jono Stanislovo (1589–1635), Kristupo Mikalojaus (1607–1631) ir Kazimiero Leono (1609–1656) – asmeninės bibliotekos. XVIII amžiaus pradžioje dalį savo asmeninių knygų padovanojo vyskupai Konstantinas Kazimieras Bžostovskis (1644–1722) ir Motiejus Juozapas Ancuta (apie 1650–1723), tačiau jų padovanoti knygų rinkiniai savo verte nebeprilygo ankstesnėms donacijoms.

Iki jėzuitų ordino panaikinimo 1773 metais bibliotekoje buvo sukaupta iki 11000 dokumentų. Istorinės aplinkybės lėmė, kad šiuo metu Vilniaus universiteto bibliotekoje saugoma tik dalis senojo fondo. 2014–2015 m. VU biblioteka atliko mokslinių tyrimų projektą Seniausios Lietuvos akademinės bibliotekos virtuali rekonstrukcija, kurį finansavo Lietuvos mokslo taryba (sutarties Nr. LIT-8-78). Projekto tikslas buvo ištirti seniausią išlikusį VU bibliotekos rankraštinį katalogą. Projekto metu buvo transkribuotas XVIII amžiaus katalogas, pagal galimybes identifikuoti kataloge užfiksuoti leidiniai. Skaitmeninė katalogo kopija ir visi duomenys patalpinti duomenų bazėje.